19 Dec 2010

Dock6 installation on Ubuntu Linux

What is DOCK?

DOCK addresses the problem of "docking" molecules to each other. In general, "docking" is the identification of the low-energy binding modes of a small molecule, or ligand, within the active site of a macromolecule, or receptor, whose structure is known. A compound that interacts strongly with, or binds, a receptor associated with a disease may inhibit its function and thus act as a drug. Solving the docking problem computationally requires an accurate representation of the molecular energetics as well as an efficient algorithm to search the potential binding modes.

Installation procedure

Download DOCK 6 from the official UCSF DOCK web-site and build source like this.
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# Compilation procedure for Dock 6.4 on Ubuntu Linux 
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# Date: 2010.12.19
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# Additional docs (where search for solutions):
# http://dock.compbio.ucsf.edu/DOCK_6/faq.htm
# http://mailman.docking.org/pipermail/dock-fans/2009-September/002247.html
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################ install new packages ###################
sudo apt-get install flex
sudo apt-get install gfortran
sudo apt-get install byacc
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################## CONFIGURE SYSTEM #####################
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###### set gfortran as g77 (no g77 on Ubuntu)
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cd /usr/bin/
sudo ln -s gfortran g77

######
###### Set default YACC parser to byacc
######
sudo update-alternatives --config yacc
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######################## BUILD ##########################
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###### Unpack:
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tar -xvzf dock.6.4_source.tar.gz

######
###### Compile:
######
cd dock6/install/
./configure gnu
make clean
make 

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######################### DONE ##########################
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############ software is in: bin direcotry ##############
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What to do next?

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